Pour l'utilisation du laser en thérapie parodontale, l'acte est controversé et n'a pas reçu le consensus nécessaire, notamment compte tenu de la position de la Société française de parodontie.
En endodontie, la controverse est importante. Les publications se contredisent sur la longueur d’onde la plus adaptée pour la décontamination intracanalaire par exemple.
De nombreuses études montrent que le recours à des techniques traditionnelles (hypochlorite) sont nettement plus sûres pour éviter les complications observées avec les laser telles que les ankyloses, les lésions du cément ou le remodelage osseux.
Pour ces raisons, la CCAM ne prévoit pas de « codages spécifiques » (type endodontie avec laser, ou assainissement parodontal au laser).